POLIMORFISMO DEL ADN AMPLIFICADO AL AZAR (RAPD)

Eduardo Morillo Velasteguí. Departamento Nacional de Recursos Fitogenéticos y Biotecnología (DENAREF) - Quito.

ANTECEDENTES
Uno de los aportes fundamentales de la PCR es la posibilidad de generar grandes cantidades de ADN de segmentos específicos del genoma. La técnica de PCR representaba una limitación significativa en la obtención de marcadores moleculares anónimos distribuidos en el genoma. La construcción de cebadores para la amplificación vía PCR dependía esencialmente del conocimiento previo de las secuencias de nucleótidos que limitan la secuencia de ADN de interés. Para conocer estas secuencias es necesario el clonaje y secuenciación de la región. En vista de esto, con excepción de algunos genes de secuencia conocida, la PCR representó de inicio, un uso limitado como técnica para la obtención de marcadores moleculares.
Un gran avance en el área de marcadores moleculares basados en PCR ocurrió en 1990, con la idea de utilizar "cebadores" más cortos y de secuencia arbitraria para dirigir la reacción de amplificación, eliminando así la necesidad del conocimiento previo de la secuencia. Esta técnica fue desarrollada independientemente por dos grupos en los Estados Unidos, William y cols. (1990) que plantearon la tecnología con el nombre de RAPDs y Welsh & McClelland (1990), que la llamaron AP-PCR (Arbitrary Primed-Polymerase Chain Reaction).
Independientemente del nombre utilizado y de pequeñas variaciones en la metodología, la técnica de RAPDs constituyó una verdadera "democratización" del análisis de polimorfismo molecular, al permitir la realización de estudios de análisis genética en especies anteriormente no contempladas. Desde su descripción, el uso de RAPDs en el mejoramiento de plantas ha tenido una difusión extremadamente rápida. Las aplicaciones incluyen:
1) Obtención de "fingerprints" genómicos de individuos, variedades y poblaciones;
2) Análisis de estructura y diversidad genética en poblaciones naturales, poblaciones de mejoramiento y bancos de germoplasma;
3) Establecimiento de relaciones filogenéticas entre diferentes especies;
4) Construcción de mapas genéticos de alta cobertura genómica y localización de genes de interés económico (Rafalski y cols., 1991; Williams y cols., 1993; Tingey e Deltufo, 1993).

BASES GENETICAS DE MARCADORES RAPDs
RAPDs es básicamente una variación del protocolo de PCR, con dos  características distintivas:
1) Utiliza un "cebador" único en vez de un par de "cebadores";
2) El cebador único es de secuencia arbitraria, y por tanto la secuencia