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  amplificada también es desconocida.

Para que exista amplificación de un fragmento RAPDs en el genoma analizado, dos secuencias de ADN complementarias al cebador arbitrario deben estar suficientemente adyacentes      (<4.000 pares de bases) y en orientación opuesta, de manera que exista una amplificación exponencial de un segmento de ADN por la ADN polimerasa. En función de las grandes cantidades de ADN producidos, este segmento puede ser visualizado directamente en forma de una banda en un gel de electroforesis. La electroforesis generalmente se realiza en geles de agarosa y son visualizados con bromuro de etidio bajo luz ultravioleta. Alternativamente, geles de poliacrilamida, de alta resolución pueden ser utilizados y las bandas visualizadas por autoradiografía (AP-PCR) o teñidos con nitrato de plata. Típicamente cada cebador arbitrario utilizado dirige una síntesis de varios segmentos de ADN simultáneamente en diversos puntos del genoma, resultando así varias bandas en el gel.

NATURALEZA MOLECULAR DEL LOCUS RAPDs
La naturaleza molecular del polimorfismo RAPDs no está enteramente conocida. Hasta tanto, evidencias experimentales, indican que diferencias de apenas un par de bases (mutaciones puntuales) son suficientes para causar no complementariedad del cebador con el sitio de iniciación ("priming site") y así impedir la amplificación de un segmento (Williams y cols., 1990). Otras fuentes de polimorfismo pueden incluir deleciones de sitios de iniciación o inserciones que colocan dos sitios de iniciación adyacentes a una distancia mayor a la que la ADN polimerasa es capaz de actuar.

DOMINANCIA DE MARCADORES RAPDs
Una característica fundamental de los marcadores RAPDs, es que se comportan como marcadores genéticos dominantes. Dominancia en esta caso se refiere al concepto clásico de interacción génica entre alelos de un mismo locus; al observar una banda RAPDs en un gel, no es posible distinguir si aquel segmento se originó a partir de una o dos copias de secuencia amplificada. O sea, un individuo diploide homocigoto para aquel locus RAPDs posee dos alelos RAPDs idénticos (AA) a partir de los cuales la amplificación ocurre; por otro lado un individuo heterocigoto (Aa) para un mismo locus RAPDs posee un alelo (A) que es amplificado y otro (a) que no lo es, debido a cualquier caso de polimorfismo mencionadas. La detección de segmentos RAPDs no tiene sensibilidad cuantitativa para discriminar en los dos casos; por esto, en cuanto al genotipo homocigoto "recesivo" (aa) es identificado por la ausencia de banda en el gel (fenotipo nulo), y los genotipos homocigotos "dominantes" (AA) y heterocigoto (Aa) son colocados juntos n una misma clase fenotípica, esto es la presencia de la banda en el gel. La técnica de RAPDs detecta, así mismo apenas un alelo en cada locus. La ausencia de banda representa, en verdad, el conjunto de todos los otros alelos de aquel locus que no pueden ser amplificados por un motivo u otro (mutaciones, inserciones, deleciones, etc.)

 

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