Finalmente es necesario anotar que estudios en base a microsatélites adolecen de ciertas limitaciones. En particular se debe considerar que la variación mantenida en un locus microsatélite fluctúa grandemente debido simplemente a que los procesos de mutación y deriva génica se efectúan al azar y tal fluctuación hace difícil demostrar evidencia positiva para una extensión selectiva o  un cuello de botella de una población, a menos que se disponga de un alto número de loci o que la variación observada sea muy diferente de aquella esperada en condiciones de equilibrio para mutación y deriva génica.