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  • Así como en otro tipo de marcadores, algunas bandas son fácil y claramente interpretadas, en tanto que otras son ambiguas. Esta ambigedad puede deberse a:

1) Bajo poder de un cebador específico de discriminar entre sitios de amplificación distintos.                                                               
2) De la competición entre diferentes sitios de amplificación  por sustrato o enzima, de manera que la presencia de ciertos segmentos puede interferir con la amplificación de otros, en proceso equivalente a una interacción "epistática" entre marcadores que influye en el fenotipo final de las bandas.
3) De problemas relacionados con la estandarización de las condiciones de amplificación. Se han observado variación de resultados de laboratorio a laboratorio.

  • El uso de RAPDs para análisis filogenéticos, "fingerprinting" y determinación de paternidad debe ser hecho con criterio, una vez que la competición entre diferentes segmentos puede llevar a resultados ambiguos. La estandarización de protocolos para la resolución de RAPD es un paso importante.

El componente responsable del 80% del costo total de un dato genotípico (data point) se debe a la enzima Taq polimerasa. El costo de producción de esta enzima es por lo menos 3 veces menor al costo del mercado. Se espera que en los próximos años, el costo caiga substancialmente de igual forma que ocurrió con las enzimas de restricción.

Welsh, J. , McClelland, M. (1990) Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nuc. Acid. Res. 18: 7213-7218.
Williams, J. , Kubelik, A. , Livak, K. , Rafalsky, J. , Tingey, S. (1990)  DNA polimorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nuc. Acids Res. 18: 6531-6535.

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