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secuencia blanco, sino también en el estudio de varias secuencias genómicas a un mismo tiempo.  Esto se puede dar gracias a que dependiendo de la substancia usada para la manipulación de los nucleótidos, las señales que se observarán serán de distintos colores. Actualmente se puede pintar a un cromosoma con siete diferentes colores (siete diferentes señales).
Otra de las ventajas que presenta FISH es que no se requiere la obtención de cromosomas metafásicos para la observación de las señales, así se pueden realizar los estudios en núcleos interfásicos o directamente en la cromatina dispersa. Esto es importante ya que muchas veces es necesario estudiar los genomas de células que no presentan ciclos de división celular normales. Además tenemos como ventaja el hecho de que las señales emitidas pueden ser amplificadas mediante el uso de compuestos que permiten la unión de más de un anticuerpo teñido a una sola base modificada.
Las aplicaciones de esta técnica son muy variadas. Actualmente se la está usando principalmente en el área clínica para el estudio de aberraciones cromosómicas, variación del número cromosómico (como las trisomías, etc.), en la detección de fusiones de genes, en el análisis de oncogenes, protoncogenes y de secuencias especificas repetitivas del ADN.  También se la está usando en combinación con procesos de bandeo tradicional en citogenética para la detección de pequeños rearreglos de secuencias o fragmentos entre cromosomas, en el estudio de deleciones y fragilidad cromosómica.  También se están estudiando los porcentajes de coincidencia entre genomas de padres e hijos, así como con otras especies; esto se logra mediante el uso de equipos de imagen computarizada que logran recrear las ondas de radio que emiten compuestos especiales usados para teñir las secuencias, y que luego son comparadas entre organismos.
Uno de los usos más importantes en el área clínica que se le da a la FISH  es el estudio de los trastornos genéticos que se dan en los distintos tipos de cáncer, ya que es uno de los pocos métodos en citogenética que se pueden usar para el análisis de tumores sólidos o en los casos de rearreglos cromosómicos no clásicos y de difícil diferenciación por procesos comunes.  En otras áreas de genética clásica, se utiliza FISH para el rápido mapeo de secuencias repetitivas del genoma (y por métodos de anti-hibridación las secuencias poco repetitivas o únicas); en estudios de topografía nuclear y en la formación de modelos estructurales de regiones del cromosoma (usando microscopios con imagen 3D).  También se usa para demostrar los resultados de experimentos donde se ha introducido ADN extraño en un organismo, es decir en donde se han realizado experimentos para formar organismos transgénicos.
A futuro se piensa que una de sus mayores aplicaciones será la de una mejor técnica de bandeo cromosómico donde se puedan reconocer mejor regiones específicas con una mejor resolución. Por último sólo queda por decir que variaciones de la técnica son aplicados al estudio del ARN, y ha sido muy usado para la observación de la expresión de genes (embriología clásica).
Nosotros presentamos la experiencia en FISH trabajando con sondas para el cromosoma X, la translocación 15;17 de la Leucemia Linfoblástica Aguda y para el Síndrome de Prader Willi.